BASINP: error reading centers

BASINP: error reading centers

Postby draabaar » Thu Jun 26, 2014 4:14 pm

Hi,

I was optimizing 7-chlorobicyclo[2.2.1]hepta-2,5-diene with b3lyp/cc-pVDZ in G09 Rev A.02. With the additional input $nbo archive file=cbhd $end and with pop=nboread I get out the wanted cbhd.47-file.
But when I try to do further analysis with NBOPro6.exe > NBORun > GenNBO > ..., my output is always "BASINP: error reading centers".

What am I doing wrong?

Best Greetings,
Philipp
draabaar
 
Posts: 7
Joined: Thu Jun 26, 2014 3:56 pm

Re: BASINP: error reading centers

Postby ericg » Thu Jun 26, 2014 7:57 pm

Philipp,

Can you paste a copy of the $GENNBO and $BASIS keylists of your FILE47 here? There must be a glitch in the latter.

Eric
ericg
 
Posts: 265
Joined: Sat Dec 29, 2012 9:31 am

Re: BASINP: error reading centers

Postby draabaar » Fri Jun 27, 2014 12:29 am

HI,

Code: Select all
 $GENNBO  NATOMS=15  NBAS=151  UPPER  BODM  $END

Code: Select all
$BASIS
 CENTER =      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      2      2      2
               2      2      2      2      2      2      2      2      2      2      2      3      3      3      3      3      3
               3      3      3      3      3      3      3      3      4      4      4      4      4      4      4      4      4
               4      4      4      4      4      5      5      5      5      5      5      5      5      5      5      5      5
               5      5      6      6      6      6      6      6      6      6      6      6      6      6      6      6      7
               7      7      7      7      7      7      7      7      7      7      7      7      7      8      8      8      8
               8      9      9      9      9      9     10     10     10     10     10     10     10     10     10     10     10
              10     10     10     10     10     10     10     11     11     11     11     11     12     12     12     12     12
              13     13     13     13     13     14     14     14     14     14     15     15     15     15     15
  LABEL =      1      1      1    101    102    103    101    102    103    255    252    253    254    251      1      1      1
             101    102    103    101    102    103    255    252    253    254    251      1      1      1    101    102    103
             101    102    103    255    252    253    254    251      1      1      1    101    102    103    101    102    103
             255    252    253    254    251      1      1      1    101    102    103    101    102    103    255    252    253
             254    251      1      1      1    101    102    103    101    102    103    255    252    253    254    251      1
               1      1    101    102    103    101    102    103    255    252    253    254    251      1      1    101    102
             103      1      1    101    102    103      1      1      1      1    101    102    103    101    102    103    101
             102    103    255    252    253    254    251      1      1    101    102    103      1      1    101    102    103
               1      1    101    102    103      1      1    101    102    103      1      1    101    102    103
$END


Thank you,
Philipp
draabaar
 
Posts: 7
Joined: Thu Jun 26, 2014 3:56 pm

Re: BASINP: error reading centers

Postby ericg » Fri Jun 27, 2014 6:42 am

Philipp,

$BASIS appears fine. The input here is free-format, but I wonder whether the input parser is having issues beyond 80 characters (each line of CENTER and LABEL extends to about 130 characters).

Try shortening each line to 80 characters or less. You can just insert a carriage return at character 80 or earlier. Again, the formatting doesn't matter. Does this fix the problem?

Eric
ericg
 
Posts: 265
Joined: Sat Dec 29, 2012 9:31 am

Re: BASINP: error reading centers

Postby draabaar » Fri Jun 27, 2014 4:38 pm

Hi Eric,

this seems to work fine. But is there a better way than doing this manually every time over and over?
If the molecules will be bigger this will end up in many line changes and will cost very much of time :/

Philipp
draabaar
 
Posts: 7
Joined: Thu Jun 26, 2014 3:56 pm

Re: BASINP: error reading centers

Postby ericg » Fri Jun 27, 2014 6:17 pm

Philipp,

I'm glad to hear that this fixes your issue.

Download a new distribution of NBO6 from https://software.wisc.edu/cgi-bin/chemi ... mistry.cgi using the download code that was provided with your license. I modified GenNBO some time ago (although I'm not sure exactly when) so lines in the FILE47 input file are now limited to 4096 characters, rather than 80.

Eric
ericg
 
Posts: 265
Joined: Sat Dec 29, 2012 9:31 am

Re: BASINP: error reading centers

Postby draabaar » Sat Jun 28, 2014 4:47 am

Hi Eric,

thank you very much for your help. With the new downloaded file everything (I've done so far) works fine.

Philipp
draabaar
 
Posts: 7
Joined: Thu Jun 26, 2014 3:56 pm

Re: BASINP: error reading centers

Postby draabaar » Wed Jul 02, 2014 9:58 am

Hi Eric,

while it works now for the molecule specified before it seems that there is another Problem. I'm getting this error on various other calculations.

For example: Ni(CO)4, MP2, Carbon and Oxygen 6-31G*, Nickel MDF10

Code: Select all
 $GENNBO  NATOMS=9  NBAS=155  UPPER  BODM  $END

Code: Select all
 $BASIS
  CENTER =      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
                1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1      1
                1      1      1      1      1      1      1      1      1      2      2      2      2      2      2
                2      2      2      2      2      2      3      3      3      3      3      3      3      3      3
                3      3      3      4      4      4      4      4      4      4      4      4      4      4      4
                5      5      5      5      5      5      5      5      5      5      5      5      5      5      6
                6      6      6      6      6      6      6      6      6      6      6      7      7      7      7
                7      7      7      7      7      7      7      7      8      8      8      8      8      8      8
                8      8      8      8      8      9      9      9      9      9      9      9      9      9      9
                9      9
   LABEL =      1      1      1      1      1      1    101    102    103    101    102    103    101    102    103    1
              103    101    102    103    255    252    253    254    251    255    252    253    254    251    255    2
              254    251    351    352    353    354    355    356    357      1      1    101    102    103      1    1
              103    255    252    253    254    251      1      1    101    102    103      1    101    102    103    2
              253    254    251      1      1    101    102    103      1    101    102    103    255    252    253    2
                1      1    101    102    103      1    101    102    103    255    252    253    254    251      1
              102    103      1    101    102    103    255    252    253    254    251      1      1    101    102    1
              101    102    103    255    252    253    254    251      1      1    101    102    103      1    101    1
              255    252    253    254    251      1      1    101    102    103      1    101    102    103    255    2
              254    251
 $END


Philipp
draabaar
 
Posts: 7
Joined: Thu Jun 26, 2014 3:56 pm

Re: BASINP: error reading centers

Postby ericg » Thu Jul 03, 2014 10:57 pm

I recall that this is a bug in G09's NBO 3.1 (Link 607) that was fixed in later revisions of G09. G09 A.02 apparently truncated its output at 120 characters, so some (or at least portions) of the basis function centers and labels (orbital symmetries) are lost. You can fix this if you have G09 source by editing L607.F in the $g09root directory and changing the 970 format statement in WRARC from 17I7 for 17I6.

Eric
ericg
 
Posts: 265
Joined: Sat Dec 29, 2012 9:31 am

Re: BASINP: error reading centers

Postby draabaar » Mon Jul 07, 2014 3:16 am

Hi Eric,

I just figured out something interesting. Gaussian .47-output was the following:

Code: Select all
LABEL =         1      1    101    102    103      1    101    102    103      1    101    102    103    201    204    206    202
              203    205      1      1    101    102    103      1    101    102    103      1    101    102    103    201    204
              206    202    203    205      1      1    101    102    103      1    101    102    103      1    101    102    103 
           ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...
                1      1    101    102    103      1      1    101    102    103      1      1    101    102    103      1      1
              101    102    103      1      1    101    102    103      1      1    101    102    103      1      1    101    102
              103      1      1    101    102    103      1      1    101    102    103      1      1    101    102    103      1
                1    101    102    103

Everything looks fine - at least for my untrained eyes. But after NBO9 got me the error BASINP i looked again at the same .47-file and now it was looking like this:

Code: Select all
   LABEL =      1      1    101    102    103      1    101    102    103      1    101    102    103    201    204    2
              203    205      1      1    101    102    103      1    101    102    103      1    101    102    103    2
              206    202    203    205      1      1    101    102    103      1    101    102    103      1    101    1
           ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...    ...
                1      1    101    102    103      1      1    101    102    103      1      1    101    102    103
              101    102    103      1      1    101    102    103      1      1    101    102    103      1      1    1
              103      1      1    101    102    103      1      1    101    102    103      1      1    101    102    1
                1    101    102    103

I thought this might be interesting for you, because it looks like there might be a problem.

Philipp

p.s. the NPTR-section makes the same abbreviation-thing ... always a strict cutoff after 120 characters
draabaar
 
Posts: 7
Joined: Thu Jun 26, 2014 3:56 pm

Next

Return to Bug Reports

Who is online

Users browsing this forum: No registered users and 1 guest

cron